Godzilla x Kong The New Empire นำเสนอมหากาพย์แห่งการต่อสู้ของสองไททัน เมื่อภัยคุกคามที่ไม่เคยมีมาก่อนก่อตัวขึ้นจากส่วนลึกของโลก ก๊อดซิลล่าและคอง อดีตคู่ต่อสู้ที่ดุเดือดต้องระงับความบาดหมางและจับมือกันเพื่อหยุดยั้งศัตรูที่โผล่ขึ้นมาจากความลึกลับของอดีต Godzilla x Kong The New Empire ภัยคุกคามครั้งนี้มาจากส่วนลึกใต้โลก ซึ่งเป็นดินแดนลับที่มนุษย์ไม่เคยเข้าถึง มันเป็นสิ่งมีชีวิตขนาดมหึมาที่เติบโตจากพลังแห่งการทำลายล้างและความเกลียดชัง ต้องการแผ่ขยายอำนาจของมันไปครอบงำพื้นผิวโลก นักวิทยาศาสตร์และนักสำรวจจากทั้งโลกต้องมาร่วมมือกันเพื่อไขปริศนาที่ซ่อนอยู่เบื้องหลังศัตรูใหม่นี้ ก่อนที่มันจะเปิดเผยอำนาจเต็มรูปแบบ ก๊อดซิลล่าและคอง ที่เคยเผชิญหน้ากันในสนามรบครั้งก่อน ต่างยอมรับกันและกันในฐานะผู้พิทักษ์ดินแดนของตนเอง แต่เมื่อเจอศัตรูที่ท้าทายทุกสิ่งที่พวกเขายึดถือ ทั้งสองจึงต้องละทิ้งความบาดหมางเพื่อปกป้องสิ่งที่สำคัญ พวกเขาเดินทางไปยังดินแดนลับใต้พิภพ ที่ซึ่งอารยธรรมโบราณเคยต่อสู้กับพลังไททันเช่นกัน และได้ทิ้งเบาะแสไว้ให้ทั้งคู่เรียนรู้การร่วมมือ…